Hoy en día la protección del medio ambiente consiste, además de la protección de las especies, en la protección de los ecosistemas de estas especies. Un ecosistema puede ser el Todo, todo el planeta, pero también partes, como un bosque, un lago, un río…, es decir un conjunto de seres vivos condicionados por su medio, como es la topografía, la geología, el clima (viento, sol, lluvia…), características del suelo y del agua.
La protección del medio ambiente depende de la postura que tiene el ser humano frente a la naturaleza, de cómo vemos y entendemos la naturaleza. En la protección del medio ambiente orientada a la ecología profunda, el ecosistema va más allá de la forma racional del pensamiento, limitado a lo que es la materia. Así se integran los campos de vibración vital-energéticos o sea estructuras y fenómenos de la ecología profunda, que son una parte vital del Todo. Son ellos que respiran el hálito que aviva y vitaliza todo, tanto la materia como el ser humano.
Los seres humanos nos hemos reducido nosotros mismos a la materia, que es sólo una parte de lo que somos. El concepto del mundo que domina hoy en día, es racional y materialista, negando otras formas de vida definiéndolas como no-existentes. La ciencia actual ha negado y por lo tanto separado del ser humano, pero también de la naturaleza  las diferentes fuerzas que nos componen y que hacen de nosotros lo que realmente somos, o sea, el alma, el espíritu, nuestra fuerza espiritual y nuestro cuerpo. El resultado de esta postura es que nos sentimos separados de la naturaleza. Nos encontramos completamente solos, sin conexión con la naturaleza como nuestro Yo mayor – y nos encontramos con un Yo menor que resulta muy limitado. De este modo hemos desarrollado un miedo ante la naturaleza aunque realmente se trata de un miedo ante nosotros mismos. El susto de que podríamos  ser más de lo que es nuestro pequeño ego y el miedo al pensar en qué dimensiones nos movemos y que responsabilidad tenemos nos hacen retroceder rápidamente a nuestros límites conocidos. Las tradiciones espirituales y el arte pueden facilitarnos un camino de retorno hacia nosotros mismos.

Visión del mundo holístico

Nada y nadie que forma parte de un Todo mayor puede dañar a otra parte de aquel Todo sin dañarse a sí mismo. La destrucción del medio ambiente es a la vez la destrucción de nuestra propia naturaleza. Lo que destruimos en el exterior lo destruimos dentro de nosotros, destruimos nuestra fuerza de corazón, nuestra alma, nuestra percepción. No sólo extinguimos animales y plantas como materia sino también un principio de lo vivo. Podemos comprobarlo perfectamente en la cultura de los indios norteamericanos y en su relación con los animales que a la vez les son animales de poder y por ello parte de su ser. Si ampliaríamos nuestra conciencia seriamos capaces de empatizar con la tierra, y de ello resultarán actitudes responsables.
Pensamientos que van en esta dirección:
Klaus Michael Meyer-Abich, filósofo de la naturaleza, desarrolló la visión del mundo holístico y subraya la importancia de “concienciarnos de que formamos parte de la naturaleza, de que nos reconocemos como parte de la naturaleza y de que actuemos en este sentido”.
James Lovelock, biólogo e ingeniero, desarrolló la hipótesis Gaia según la cual, la Tierra, Gaia, es un organismo vivo que autoregula su metabolismo y su temperatura y donde  los seres vivos pero especialmente los microbios aportan condiciones favorables y estables.
En colaboración con la microbiológa Lynn Margulis se creó la teória Gaia: la tierra se considera un sistema en el que la evolución de los seres vivos está estrechamente relacionada con la de su ambiente. La tierra misma regula su composición química y también el clima.
Peter Dawkins, arquitecto que practica la ecología profunda, desarrolló “Zoence“ – el saber vivir en armonía con nosotros mismos y nuestro ambiente y la conexión recíproca de  tierra / cielo y cielo / tierra. Se puede considerar como la más amplia y moderna definición de la geomancia.
En el origen de todas las culturas se consideraba la naturaleza como un ser vivo, compuesto por cuerpo, alma y espíritu. Se consideraba divina, se le daba un carácter espiritual. Así los seres humanos sólo podemos reconocerla en estas tres dimensiones si nos reconocemos a nosotros mismos como seres espirituales. La protección del medio ambiente orientada a la ecología profunda regresa a las viejas raíces pero a la vez se dirige al futuro lejano: el ser humano evoluciona ampliando la conciencia y dará la oportunidad a la tierra de dejarse reconocer.
Los fenómenos de ecología profunda son los órganos invisibles de la naturaleza. Ellos alimentan y dirigen la naturaleza materializada, por ello su protección es protección de medio ambiente.
Tan sólo el hecho de reconocer el espíritu de un lugar le protege y posibilita apoyar la identidad de este lugar, mediante construcción o paisajismo típica de este lugar, obras de arte, cosmogramas y todo tipo de sanación de la tierra.
Si se reconoce un ser vivo, sea hombre o tierra, en su identidad (esto es: en su voluntad, su espíritu, su ser, pero también en sus fuerzas, sus deseos y sueños…), éste ser se siente reforzado, reconocido y considerado como verdadero. Ya por ello está protegido en sí.
La protección de la naturaleza o protección del medio ambiente desde la ecología profunda actúa cuando la disarmonía en su totalidad, es decir en sus tres dimensiones cuerpo, alma y espíritu de un paisaje o de una persona se reconduce a la armonía. Según este principio debería planearse un paisaje. Los métodos de la ecología profunda, como la armonización de estructuras caóticas de vibraciones a través de terapias de resonancia es decir diferentes métodos de sanación de la tierra posibilitan una complementaria “re-naturación“ de paisajes o espacios dañados al apoyar sus fuerzas de auto-sanación.
El Dalai Lama, en el prólogo del libro de Joana Macy “Volver a la vida” pide no sólo aceptar los pensamientos de ecología profunda, si no también actuar en consecuencia.